Sebelum adanya Lembaga Penjaminan Mutu, penjaminan mutu dilaksanakan oleh Pusat Penjaminan Mutu. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) merupakan salah satu lembaga di lingkungan Institut Agama Islam Negeri Ponorogo yang lahir bersamaan dengan pendirian Institut Agama Islam Negeri Ponorogo, yaitu pada tanggal 1 Agustus 2016. Institut Agama Islam Negeri Ponorogo merupakan transformasi dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ponorogo, yang mengalami perubahan bentuk menjadi Institut berdasarkan Perpres Nomor 75 Tahun 2016.
Melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 49 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Ponorogo, pada pasal 54 menyebutkan bahwa salah satu lembaga yang ada di Institut Agama Islam Negeri Ponorogo adalah Lembaga Penjaminan Mutu. Selanjutnya, pada pasal 63, menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu mempunyai tugas mengoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. Lembaga Penjaminan Mutu menyelenggarakan fungsi pelaksanaan: 1) penyusunan rencana, evaluasi program dan anggaran, serta pelaporan; 2) pengembangan mutu akademik; 3) audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik; dan 4) administrasi Lembaga.
Selanjutnya, pada pasal 65 menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu terdiri dari: 1) Ketua; 2) Sekretaris; 3) Pusat; dan 4) Subbagian Tata Usaha. Pusat yang dimaksudkan adalah Pusat Pengembangan Standar Mutu dan Pusat Audit dan Pengendali Mutu. Pusat Pengembangan Standar Mutu mempunyai tugas pengembangan standar mutu akademik. Sedangkan Pusat Audit dan Pengendalian Mutu Akademik mempunyai tugas melaksanakan audit dan pengendalian mutu akademik.
Selanjutnya pada tanggal 8 September 2022 Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Ponorogo mengalami perubahan berdasarkan Peraturan Menteri Agama No 39 Tahun 2022 pada pasal 65 menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu terdiri dari: 1) Ketua; 2) Sekretaris; 3) Pusat; dan 4) Kelompok Jabatan Fungsional. Pusat yang dimaksudkan adalah 1) Pusat Pengembangan Standar Mutu; 2) Pusat Audit dan Pengendali Mutu, dan 3) Pusat Pengembangan Karir.
Seiring dengan perkembangan dan perubahan bentuk dari Institut Agama Islam Negeri Ponorogo menjadi Universitas Islam Negeri Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo, Lembaga Penjaminan Mutu mengalami penambahan pusat baru, yaitu Pusat Penerimaan Mahasiswa Baru.
Selanjutnya berikut pengelola Lembaga Penjaminan Mutu Universitas Islam Negeri Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo pada setiap periode.
A. Periode I STAIN Ponorogo (2004-2007)
Ketua UPMA : Luthfi Hadi Aminuddin, M.Ag.
Sekretaris P3M : Miftahul Choiri, M.Ag.
Staf : M. Irfan Riyadi, M.Ag.
Staf : Elfi Yuliani Rochmah, M.Pd.
B. Periode II STAIN Ponorogo (2008-2011)
Ketua P2M : M. Miftahul Ulum, M.Ag.
Sekretaris P3M : Iswahyudi, M.Ag.
Staf : M. Thoyib, M.Ag.
Staf : Sugiyar, M.Pd.I.
C. Periode III STAIN Ponorogo (2011-2015)
Ketua P2M : Drs. H. M. Muhsin
Sekretaris P3M : Ahmad Junaidi, M.H.I.
Staf : Sirajudin Ahmad, S.Ag.
Staf : Munthoha, S.Ag.
D. Periode IV STAIN Ponorogo (2015-2017)
Ketua P2M : Dr. Ahmadi, M.Ag.
Sekretaris P3M : Dr. Umi Rohmah, M.Pd.I.
Staf : Dr. Synta Maharani, M.Ak
Staf : Nur Kolis, Ph.D
Staf : Iza Hanifuddin, Ph.D.
Staf : Edi Irawan, M.Pd.
Staf : Fieka Nurul Arifa, M.Pd.
Staf : Nur Rahmi Sonia, M.M.
Staf : M. Hawwin Muzaki, M.Ag.
E. Periode I IAIN Ponorogo (2017-2021)
Ketua LPM : Dr. Mukhibat, M.Ag.
Sekretaris LPM (2017 – 2018) : Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag.
Sekretaris LPM (2019 – 2021) : Edi Irawan, M.Pd.
Kapus Audit dan Pengendali Mutu (2017 – 2018) : Dr. M. Shohibul Itmam, M.H.I.
Kapus Audit dan Pengendali Mutu (2019 – 2021) : Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag.
Kapus Pengembangan Standar Mutu (2017 – 2018) : Amin Wahyudi, M.E.I.
Kapus Pengembangan Standar Mutu (2019 – 2021) : Ulum Fatmahanik, M.Pd.
Kasubag TU (2017 – 2020) : Suwondo, M.Ak.
Kasubag TU (2020 – 2021) : Agung Musyaffa Sjamsoedin, SE.
Staf (2017 – 2019) : Fieka Nurul Arifa, M.Pd.
Staf (2018 – 2019) : M. Hawwin Muzakki, M.Pd.
Staf (2019 – 2019) : Septian Putri Palupi, S.Si.
Staf (2020 – 2019) : Muhammad Ghafar, M.Pd.I.
Staf (2019 – 2021) : Aris Nurbawani, M.M.
Staf (2020 – 2021) : Dr. Hestu Wilujeng, M.Pd.
Staf (2021 – 2021) : Rofingatun Rohmah, S.H.
Staf (2022 – 2021) : Adistya Trinur Gustanti, S.Kom.
F. Periode II IAIN Ponorogo (2021-2025)
Ketua LPM (2021 – 2025) : Dr. Mambaul Ngadhimah, M.Ag.
Sekretaris LPM (2021 – 2025) : Syaiful Arif, M.Pd.
Kapus Audit dan Pengendali Mutu (2021 – 2022) : Sofwan Hadi, M.Si.
Koordinator Pusat Audit dan Pengendali Mutu (2022 – 2024) : Jamaluddin Shiddiq, M.Pd.
Koordinator Pusat Audit dan Pengendali Mutu (2024 – 2025) : Wahid Hariyanto, M.Pd.
Kapus Pengembangan Standar Mutu (2021 – 2021) : Farida Sekti Pahlevi, M.Hum
Koordinator Pusat Pengembangan Standar Mutu (2021 – 2025) : Dr. Hestu Wilujeng, M.Pd.
Koordinator Pusat Pengembangan Karir (2023 – 2025) : Dr. Ahmad Sulton, M.Pd.I.
Koordinator Tata Usaha (2021 – 2022) : Agung Musyaffa Sjamsoedin, SE.
Penyusun dan Pengolah Instrumen (2023 – 2025 ) : Budhi Setiyawan, SE., M.Pd.
Staf LPM (2021 – 2025) : Aristiawan, M.Pd.
Staf LPM (2021 – 2025) : Rizki Amalia Sholihah, M.Pd.
Staf LPM (2021 – 2025) : Adistya Trinur Gustanti, S.Kom.
Staf LPM (2021 – 2025) : Rofingatun Rohmah, SH
Staf LPM (2021 – 2022) : Zamzam Mustofa, M.Pd.
Staf LPM (2022 – 2025) : Fiki Rahmita, M.Pd.
Staf LPM (2022 – 2025) : Annisa Dwi Kurniawati, M.Pd.
G. Periode I UIN Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo (2025-2026)
Ketua LPM : Dr. Edi Irawan, M.Pd.
Sekretaris LPM : Dr. Rizki Amalia Sholihah, M.Pd.
Kapus Pengembangan Standar Mutu : Aristiawan, M.Pd.
Koordinator Pusat Audit dan Pengendalian Mutu Internal : Muhammad Ali Murtadlo, S.H.I., M.H.
Koordinator Pusat Pengembangan Karir : Rizky Akbarani, M.Pd.
Koordinator Pusat Penerimaan Mahasiswa Baru : Estu Unggul Drajat, M.E.Dev.
Staf Ahli Akreditasi LAMDIK: Rahmi Faradisya Ekapti, M.Pd.
Staf Ahli Akreditasi LAMEMBA : Ika Septiana Windi Antari, M.Stat.
Staf Administrasi : Desy Navisa Indri Astuti, S.H.
Staf Administrasi : Rose Hakai
Staf Pusat PK : Nur Hasanah, M.Pd.
Staf Pusat PMB : Neni Kurniawati, A.Md.
Staf Pusat PMB : Nizar Haris Masruri, M.Kom.
Staf Pusat PMB : Elfani Hunafa Salsabella, M.Pd.
H. Periode II UIN Kiai Ageng Muhammad Besari Ponorogo (2026-2029)
Ketua LPM : Dr. Hestu Wilujeng M.Pd.
Sekretaris LPM : Muhammad Ali Murtadlo, S.H.I., M.H.
Kapus Pengembangan Standar Mutu : Aristiawan, M.Pd.
Kepala Pusat Audit dan Pengendalian Mutu : Khoirun Nisak, M.SEI.
Kepala Pusat Kerjasama Luar Negeri dan Studi Kawasan : Dr. Kharisul Wathoni, M.Pd.
Kepala Pusat Penerimaan Mahasiswa Baru : Estu Unggul Drajat, M.E.Dev.
Staf Ahli Akreditasi LAMDIK: Rahmi Faradisya Ekapti, M.Pd.
Staf Ahli Akreditasi LAMEMBA : Ika Septiana Windi Antari, M.Stat.
Staf Administrasi : Desy Navisa Indri Astuti, S.H.
Staf Administrasi : Arma Adha Afyfah, S.Pd.
Staf Administrasi : Rose Hakai, S.Pd.
Staf Pusat PMB : Neni Kurniawati, A.Md.
Staf Pusat PMB : Nizar Haris Masruri, M.Kom.
Staf Pusat PMB : Elfani Hunafa Salsabella, M.Pd